می توانند مقادیر زیادی اسیدهای معدنی یا آلی (مانند اسید سولفوریک) را به عنوان محصولات متابولیسم خود و یا مواد مغذی سایر باکتری­ها (مانند اسیدهای چرب که توسط باکتری­های احیا کننده سولفات یا SRB استفاده می شود) تولید کنند. این باکتری­ها اغلب هوازی بوده و کربوهیدرات­­ها را مصرف می­کنند. اسیدهای آلی حاصل از متابولیسم باکتری های تولید کننده اسید به فرآیند خوردگی کمک می­کند. بعلاوه، فعالیت تهاجمی باکتری­های احیا کننده سولفات به دلیل تغذیه این باکتری­ها از اسیدهای چربی تولید شده توسط APB ها، در حضور باکتری های تولید کننده اسید افزایش می­یابد.

برخی از APBها می­توانند در شرایط بی­هوازی نیز زنده بمانند و اسیدهای آلی که موجب خوردگی موضعی می­شوند را تولید کنند. برخلاف APBهای هوازی که به محیط­های غنی از اکسیژن برای رشد نیاز دارند، APBهای بی­هوازی سیستم­های آب بسته و خطوط انتقال گاز را ترجیح می­دهند.

اسیدهای معدنی تولید شده توسط میکروب ها عبارتند از: نیتریک اسید (HNO₃)، سولفورو اسید (H₂SO₃)، سولفوریک اسید (H2SO₄)، نیترو اسید (HNO₂) و کربنیک اسید (H2CO₃). سولفورو اسید و سولفوریک اسید اگرچه عمدتا توسط جنس Thiobacillus تولید می­شوند اما سایر جنس­ها مانند Thiothrix و Beggiatoa نیز این اسیدها را تولید می­کنند.

مشکل اصلی در خوردگی سولفوریک اسید و نیتریک اسید این است که نمک های حاصل در آب محلول هستند و بنابراین احتمال تشکیل یک لایه محصول خوردگی محافظ وجود ندارد. علاوه بر این، به دلیل کاهش pH، رسوبات محافظی که روی سطح ایجاد می شوند، به عنوان مثال کربنات کلسیم، می تواند به راحتی در مایع حل شود. از سوی دیگر، تاثیر متابولیت­های اسیدی هنگامی در بین بیوفیلم و سطح فلز محصور شوند، چندین برابر می­شود.